自信を持って世の中で活躍するためには、様々な挑戦や経験・体験をすることが必要だと考え、幅広い興味や関心に対応した3つのコースと9専攻を用意。コースは学びの深さによって3つのコアに分かれており、あらゆる分野の精通を目指すプログレスコース（PGS専攻・PGA専攻・PGT専攻）、興味や関心のある分野に関して知識を深めるアドバンスコース（国際教養専攻・STEAM理数専攻）、好きなことを見つけて知識を深めるアカデミックコース（グローバル専攻・サイエンス専攻・アスリート専攻・文理専攻）の中から受験時に選択する。各コースでは、将来のビジョンを見つけられるように大学の学部・学科で学ぶような学校設定科目を設置。それらの授業を通して学ぶことが、キャリア教育にもつながっていく。

●大学や企業との連携
各コースの特色にあわせて、大学や企業と連携したプログラムを用意。証券会社やIT関連、広告代理店などへの企業訪問やワークショップ、オリンピックメダリストによる講話、起業家体験など、価値ある体験を通して自分の道を切り拓く力を育む。コースとして参加するプログラムなどは、縦割りで異学年が共に学ぶ機会も多い。

●全コースにSTEAM教育を導入
教育戦略室を設置し、STEAM教育にも力を入れている。教員の視点だけでなく、企業での経験のある人材の視点を通して新しい学びを推進。様々な分野で価値を生み出せる人材の育成を目指し、STEAM教育を通して今までにないものを創造する力を育む。アメリカで行われている講演イベント「TED」を「TEDxTokyo」として立ち上げた創立者の1人、パトリック・ニュウエル氏がアドバイザーとして就任。

体育祭は外部の陸上競技場を利用して開催。4チーム制で競い、学年を超えた絆が生まれる。鳳凰祭（学園祭）は、模擬店、展示、アトラクションなどの催し物があり、生徒会を中心に生徒たちで作り上げる。2020年度の鳳凰祭では、世界が注目するプレゼンイベント「TED」を、「TEDxJiyugaokaGakuen」として開催。世界90か国の人々が参加し、生徒たちは排気ガスの問題や気候危機への対策を考えてプレゼンテーションを行った。開催前には「TEDxTokyo」の共同創立者パトリック・ニュウエル氏からプレゼンテーションの指導を受け、世界の仲間と協働することの楽しさを体感。