広く教養を深め、美術を中心にして感性を磨き、世界へのまなざしを向けた文化の担い手として、創造性豊かな人間の育成を目指す。この教育目標を達するために三つの「美」、すなわち「智（ち）の美」、「芸（わざ）の美」、「心（こころ）の美」を掲げる。
「智の美」：感性を支える知性を重視。自分で判断し、一人で生きていくための知恵や理性を身につける。
「芸の美」：さまざまな自己表現の手段を模索し、自己実現の場を見つけるための糧を得る。
「心の美」：どんなことでも自分から取り組む心、他者を認め、さまざまなものに目を向ける心の姿。

女子美術大学付属高等学校は、美術教育に重点を置く普通科（普通課程）の高校。美術を通して感性を磨き、創造の喜びを知ることのできる人間を育くむ。また、そこから専門家への道をひらくとともに、一般社会にあっても大いに歓迎される人間性豊かで高度なアート思考をそなえ、調和のとれたデザイン思考を有する人間の育成をめざす。
高校からの入学生は、中学からの入学生と混合クラスとなる。美術関連の授業が計週7時間。高2より絵画コースとデザインコースと工芸・立体コースに分かれ、週10時間の美術の授業により専門性を深めていく。高3では、週10時間の美術の授業によって大学・短大での美術教育に対応できる描写力習得と素材研究などを積極的に行う。
定期的に大学の教授による授業も実施。社会の一線で活躍する卒業生の講演会やワークショップなどを行っている。
高3の2学期後半からは、卒業制作に取り組み、作品は東京都美術館にて女子美術大学・大学院・女子美術大学短期大学部との合同で展示する。
ICT環境を整備し、一人一台のiPadとHR教室の電子黒板による授業を展開。各教科においても、美術と関連付けた特色ある授業を展開。たとえば、同校オリジナル教材である「Art English」では、自作を紹介するというテーマで、高校3年間で制作した美術作品の中から1点を選び、英文でまとめる（高3英語表現）。さらに自作を英語でプレゼンテーションすることを目指している。

行事の中心には、常にアートがある。4月には高3修学旅行（奈良・京都）、5月の高1春季旅行ではスケッチを行う。6月には運動会、10月には中学・高校・大学同時開催の女子美祭、3月には卒業制作展。
修学旅行ではじっくりと日本美術・文化を鑑賞。女子美生のために特別な鑑賞方法を解説してもらうなど、貴重な体験ができる。
旅行やスポーツ行事では、普段と違う自分を発見できる機会として自己を見つめる。女子美祭をはじめとするアートイベントでは、正に自作の発表や共同制作を披露する自己表現の機会として大いに盛り上がる。大学付属校として、中高大連携行事も充実している。