自由学園は1921年（大正10年）に、ジャーナリストであった羽仁もと子・吉一夫妻により創立された。キリスト教を土台とし、「思想しつつ　生活しつつ　祈りつつ」、「よく教育するとはよく生活させること」という理念のもと、人間教育を実践している学校だ。24時間の生活すべてを学びの場と考えている。
私たち一人一人は、「いのち」と「意志の自由」を与えられた、この世界にたった一人しかいないかけがえのない存在であるという思想のもと、毎日の生活を通じ、このいのちと自由を使って、どのように自分らしく、主体的に生きていくかを学んでいく。
これを自分のためだけに使えば利己的な生き方になり、人間中心に使えば自然や他の生命を傷つけてしまう危険性もある。その危険性を排除し、よい生き方を選択するためには、何が「よい」ことであるかを自ら問い、与えられた自由をどのように使えばよいのか、自ら考え、判断し、行動する力が必要だと考えている。
自由学園の校名は、新約聖書の一節「真理はあなたたちを自由にする」に由来する。どのような時代にあっても変わることのない「真理」を求め、よく生きる人を、自由学園では「真の自由人」と呼んでいる。

教育方針として揚げているのは「生活即教育」。教室内での学びだけでなく、自然豊かなキャンパスや生活そのものからの学びも大切にしている。学校生活のすべてを生徒たちが管理運営しており、「自分たちの学校」＝「自分たちの社会」という意識を大切にしている。
また2022年度の入学生より単位制をスタートさせた。1年生のあいだに、卒業までに修得すべき必修単位を集中して修得し、2年生からは自分の学びたい分野の授業が選べるようになるシステムだ。生徒それぞれが、学びたい分野で目指す未来を明確に意識した学習を行うとともに、今、興味があるものにより多くの時間を費やすことができるようになった。
また2年生の後期から週1日学外の企業や団体で学ぶ「高校生インターンシップ」、カンボジアとデンマークへの「海外研修旅行」、フィンランド・イギリス・アメリカへの「短期交換留学」、最大1年間、自分で選んだ留学先での学びが単位認定される「留学支援制度」など、学校の外で、世界をキャンパスとして学べる制度が充実している。

10万㎡の自然と文化あふれるキャンパスに自由学園の幼児生活団（幼稚園）、初等部、中等科、高等科、最高学部（大学部）がともに学ぶ。美しい校舎群は、その多くが20世紀の世界的な建築家、フランク・ロイド・ライトの弟子である日本人建築家により昭和初期に建てられたものであり、一部は東京都指定文化財に登録されている。24年度の共学化に向けて設計事務所シーラカンスK&H（代表　工藤和美・堀場弘）と生徒・教職員による改修プロジェクトが組織され、中等科キャンパスの中心に立つラーニングコモンズは4年をかけて改修された。また現在は高等科キャンパスの改修が進められている。校外施設として重要文化財に登録されている自由学園明日館（東京都）、植林地（埼玉県）、那須農場（栃木県）を所有しており、改修校舎にも植林地の間伐材や校内の伐採樹木が多く使われている。

1年間の学習や探求活動の成果を3学期に発表する「学びの共有会」は一大イベントになる。また「体操会」や「クリスマス礼拝」などの独自の行事は幼稚園から大学部までが一堂に会して行われる。
そのほかにも、自然と触れ合うこと、仲間と一から創り上げ、成し遂げることを大切にしてさまざまな活動を行なっている。行事の立案から運営まで生徒が関わらないことは無く、文化祭や運動会など、もともと予定されていなくても生徒が企画して実施に至る行事が数多くある。